Parker se unió a Nike en 1979 como diseñador de calzado en sus instalaciones de I+D en Exeter, Nuevo Hampshire. Posteriormente, se convirtió en vicepresidente de división a cargo del desarrollo en 1987, vicepresidente corporativo en 1989, gerente general en 1993 y vicepresidente de calzado global en 1998.[1] Antes de convertirse en vicepresidente de Nike, se desempeñó como copresidente (con Charlie Denson) de la marca Nike a partir de marzo de 2001.[1] Aun así, todavía participa en el diseño de calzado, sobre todo en el proyecto Nike HTM, creando calzado de edición limitada junto al diseñador de Nike, Tinker Hatfield, y el consultor creativo Hiroshi Fujiwara.[6][7] Se ha comprometido a garantizar que Nike siga siendo consciente del medio ambiente. Después de 10 años de trabajo, Parker y su equipo lanzaron el primer «Zapato Verde» que se adhiere a los principios de sostenibilidad.[8]
Mientras era director ejecutivo de Nike en 2012, Parker ganó una compensación total de $15 425 608, que incluía un salario base de $1 609 615, un bono en efectivo de $594 190, acciones otorgadas de $3 500 087, opciones otorgadas de $4 199 250 y una compensación del plan de incentivos no accionario enumerado a $5 522 466 dólares.
Luego de ser ascendido a presidente en 2016, la compensación de Mark Parker se triplicó a más de 47.6 millones de dólares, de los cuales 33.5 millones provinieron de recompensas en acciones.[9]
En 2015, Mark Parker fue nombrado Empresario del año por Fortune.[10] En junio de 2015 se anunció que Mark Parker reemplazará a Phil Knight como presidente de la compañía Nike en 2016.[11]
En 2016, Parker ocupó el puesto 14 en la lista del New York Times de los directores ejecutivos mejor pagados[12] con un sueldo anual de 47,6 millones.[13] Parker fue elegido miembro de la junta directiva de Walt Disney a principios de ese año.[14]
En 2017, Parker aceptó un recorte salarial del 71 % debido a un año de malas ventas en Nike y el despido de 1000 empleados.[15] Posteriormente, sus ganancias fueron de 13,9 millones de dólares en acciones y opciones.[16]
En 2019, Mark Parker fue criticado por ciertos comentaristas de medios de derecha por su aceptación del patrocinador de Nike, Colin Kaepernick.[17] Además, Parker fue criticado por descontinuar una edición especial de sus zapatillas Air Max 1 Quick Strike con el tema de la «bandera de Betsy Ross».[18]
En octubre de 2019, Mark Parker anunció que dejaría el cargo de director ejecutivo de Nike y se convertiría en presidente ejecutivo de la empresa el 13 de enero de 2020.[19]
En 2023, fue designado como el presidente de The Walt Disney Company, sucediendo a Susan Arnold.[20] Parker ejerció el cargo hasta el 2 de enero de 2025, cuando fue sucedido por James P. Gorman, un conocido de Morgan Stanley.[4]